Sekwencjonowanie genomowe wraz z usługami dodatkowymi, tj. przygotowaniem bibliotek oraz podstawową analizą bioinformatyczną

1.1.) Rola zamawiającego

Postępowanie prowadzone jest samodzielnie przez zamawiającego

1.2.) Nazwa zamawiającego: Państwowy Instytut Weterynaryjny - Państwowy Instytut Badawczy

1.4) Krajowy Numer Identyfikacyjny: REGON 000080252

1.5) Adres zamawiającego

1.5.1.) Ulica: Al. Partyzantów 57

1.5.2.) Miejscowość: Puławy

1.5.3.) Kod pocztowy: 24-100

1.5.4.) Województwo: lubelskie

1.5.5.) Kraj: Polska

1.5.6.) Lokalizacja NUTS 3: PL815 - Puławski

1.5.9.) Adres poczty elektronicznej: przetargi@piwet.pulawy.pl

1.5.10.) Adres strony internetowej zamawiającego: www.piwet.pulawy.pl

1.6.) Adres strony internetowej prowadzonego postępowania:

https://piwet.ezamawiajacy.pl/pn/piwet/demand/233333/notice/public/details

1.7.) Rodzaj zamawiającego: Zamawiający publiczny - osoba prawna, o której mowa w art. 4 pkt 3 ustawy (podmiot prawa publicznego)

1.8.) Przedmiot działalności zamawiającego: Inna działalność

weterynaria

2.1.) Ogłoszenie dotyczy:

Zamówienia publicznego

2.2.) Ogłoszenie dotyczy usług społecznych i innych szczególnych usług: Nie

2.3.) Nazwa zamówienia albo umowy ramowej:

Sekwencjonowanie genomowe wraz z usługami dodatkowymi, tj. przygotowaniem bibliotek oraz podstawową analizą bioinformatyczną

2.4.) Identyfikator postępowania: ocds-148610-96b23090-498f-4aaa-a1b0-916ea1143069

2.5.) Numer ogłoszenia: 2025/BZP 00534425

2.6.) Wersja ogłoszenia: 01

2.7.) Data ogłoszenia: 2025-11-17

2.8.) Zamówienie albo umowa ramowa zostały ujęte w planie postępowań: Nie

2.11.) Czy zamówienie albo umowa ramowa dotyczy projektu lub programu współfinansowanego ze środków Unii Europejskiej: Nie

2.13.) Zamówienie/umowa ramowa było poprzedzone ogłoszeniem o zamówieniu/ogłoszeniem o zamiarze zawarcia umowy: Tak

2.14.) Numer ogłoszenia: 2025/BZP 00436897

3.1.) Tryb udzielenia zamówienia wraz z podstawą prawną Zamówienie udzielane jest w trybie podstawowym na podstawie: art. 275 pkt 1 ustawy

4.1.) Numer referencyjny: DZP-23/115/25

4.2.) Zamawiający udziela zamówienia w częściach, z których każda stanowi przedmiot odrębnego postępowania: Nie

4.4.) Rodzaj zamówienia: Usługi

4.5.1.) Krótki opis przedmiotu zamówienia

Przedmiotem usługi jest sekwencjonowanie genomowe wraz z usługami dodatkowymi, tj. przygotowaniem bibliotek oraz podstawową analizą bioinformatyczną.

Próbki będą wysłane jednorazowo (planowany termin wysłania próbek: październik-listopad 2025 r.).

Przewidywana ilość prób w czasie trwania umowy będzie wynosiła około 54 próbek.

Minimalne wymagane parametry usługi:
 przygotowanie bibliotek do sekwencjonowania w trybie odczytów dwustronnych (sparowanych), długość insertu miedzy adapterami powinna być tak dobrana, aby umożliwić odczyt o długości 300 pz w każdą stronę;
 sekwencjonowanie genomowe w technologii Illumina, platforma MiSeq w trybie odczytów dwustronnych (pair-end), konfiguracja przebiegu sekwencjonowania 2x300bp;
 sekwencjonowanie z minimalnym pokryciem 70x
 podstawowa analiza bioinformatyczna (przycinanie odczytów, ocena jakości sekwencji, przygotowanie plików wynikowych w formacie fasta oraz danych surowych w formacie fastQ)
 ilość odczytów Q30 powyżej 75%

Do Wykonawcy, w celu wykonania usługi, przesłane będą próbki w postaci materiału genetycznego (DNA bakterii):
- Listeria monocytogenes (wielkość genomu ok. 2,9 Mb) – planowana liczba ok. 7 próbek
- Salmonella spp. (wielkość genomu ok. 4,78 Mb) – planowana liczba ok. 2 próbek
- Yersinia spp. (wielkość genomu ok. 4,6 Mb) - planowana liczba ok. 15 próbek
- Staphylococcus aureus (wielkość genomu ok. 2,8 Mb)- planowana liczba ok. 30 próbek

4.5.3.) Główny kod CPV: 73111000-3 - Laboratoryjne usługi badawcze

5.1.) Postępowanie zakończyło się zawarciem umowy albo unieważnieniem postępowania: Postępowanie/cześć postępowania zakończyła się zawarciem umowy

6.1.) Liczba otrzymanych ofert lub wniosków: 3

6.1.3.) Liczba otrzymanych od MŚP: 3

6.1.4.) Liczba ofert wykonawców z siedzibą w państwach EOG innych niż państwo zamawiającego: 1

6.1.5.) Liczba ofert wykonawców z siedzibą w państwie spoza EOG: 1

6.1.6.) Liczba ofert odrzuconych, w tym liczba ofert zawierających rażąco niską cenę lub koszt: 2

6.1.7.) Liczba ofert zawierających rażąco niską cenę lub koszt: 0

6.2.) Cena lub koszt oferty z najniższą ceną lub kosztem: 40649,04 PLN

6.3.) Cena lub koszt oferty z najwyższą ceną lub kosztem: 40649,04 PLN

6.4.) Cena lub koszt oferty wykonawcy, któremu udzielono zamówienia: 40649,04 PLN

6.5.) Do wyboru najkorzystniejszej oferty zastosowano aukcję elektroniczną: Nie

6.6.) Oferta wybranego wykonawcy jest ofertą wariantową: Nie

7.1.) Czy zamówienie zostało udzielone wykonawcom wspólnie ubiegającym się o udzielenie zamówienia: Nie

7.3.) Dane (firmy) wykonawcy, któremu udzielono zamówienia:

7.3.1) Nazwa (firma) wykonawcy, któremu udzielono zamówienia: Genomed S.A.

7.3.2) Krajowy Numer Identyfikacyjny: PL7010083563

7.3.3) Ulica: Ponczowa 12

7.3.4) Miejscowość: Warszawa

7.3.5) Kod pocztowy: 02-971

7.3.6.) Województwo: mazowieckie

7.3.7.) Kraj: Polska

7.4.) Czy wykonawca przewiduje powierzenie wykonania części zamówienia podwykonawcom?: Nie

8.1.) Data zawarcia umowy: 2025-11-12

8.2.) Wartość umowy/umowy ramowej: 40649,04 PLN

8.3.) Okres realizacji zamówienia albo umowy ramowej: 28 dni