Sekwencjonowanie genomowe wraz z usługami dodatkowymi, tj. przygotowaniem bibliotek oraz podstawową analizą bioinformatyczną

1.1Rola zamawiającego

Postępowanie prowadzone jest samodzielnie przez zamawiającego

1.2Nazwa zamawiającego

Państwowy Instytut Weterynaryjny - Państwowy Instytut Badawczy

1.4Krajowy Numer Identyfikacyjny

REGON 000080252

1.5Adres zamawiającego

1.5.1Ulica

Al. Partyzantów 57

1.5.2Miejscowość

Puławy

1.5.3Kod pocztowy

24-100

1.5.4Województwo

lubelskie

1.5.5Kraj

Polska

1.5.6Lokalizacja NUTS 3

PL815 - Puławski

1.5.9Adres poczty elektronicznej

przetargi@piwet.pulawy.pl

1.5.10Adres strony internetowej zamawiającego

www.piwet.pulawy.pl

1.6Rodzaj zamawiającego

Zamawiający publiczny - osoba prawna, o której mowa w art. 4 pkt 3 ustawy (podmiot prawa publicznego)

1.7Przedmiot działalności zamawiającego

Inna działalność

weterynaria

2.1Ogłoszenie dotyczy

Zamówienia publicznego

2.2Ogłoszenie dotyczy usług społecznych i innych szczególnych usług

Nie

2.3Nazwa zamówienia albo umowy ramowej

Sekwencjonowanie genomowe wraz z usługami dodatkowymi, tj. przygotowaniem bibliotek oraz podstawową analizą bioinformatyczną

2.4Identyfikator postępowania

ocds-148610-96b23090-498f-4aaa-a1b0-916ea1143069

2.5Numer ogłoszenia

2025/BZP 00436897

2.6Wersja ogłoszenia

01

2.7Data ogłoszenia

2025-09-23

2.8Zamówienie albo umowa ramowa zostały ujęte w planie postępowań

Nie

2.11O udzielenie zamówienia mogą ubiegać się wyłącznie wykonawcy, o których mowa w art. 94 ustawy

Nie

2.14Czy zamówienie albo umowa ramowa dotyczy projektu lub programu współfinansowanego ze środków Unii Europejskiej

Nie

2.16Tryb udzielenia zamówienia wraz z podstawą prawną

Zamówienie udzielane jest w trybie podstawowym na podstawie: art. 275 pkt 1 ustawy

3.1Adres strony internetowej prowadzonego postępowania

https://piwet.ezamawiajacy.pl/pn/piwet/demand/233333/notice/public/details

3.2Zamawiający zastrzega dostęp do dokumentów zamówienia

Nie

3.4Wykonawcy zobowiązani są do składania ofert, wniosków o dopuszczenie do udziału w postępowaniu, oświadczeń oraz innych dokumentów wyłącznie przy użyciu środków komunikacji elektronicznej

Tak

3.5Informacje o środkach komunikacji elektronicznej, przy użyciu których zamawiający będzie komunikował się z wykonawcami - adres strony internetowej

Platforma zakupowa: https://piwet.ezamawiajacy.pl - zakładka korespondencja

3.6Wymagania techniczne i organizacyjne dotyczące korespondencji elektronicznej

Pokaż pełną treść (447 słów)

Zamawiający podaje wymagania
techniczne związane z korzystaniem z Platformy:
1) Stały dostęp do sieci Internet o gwarantowanej przepustowości nie mniejszej niż 512 kb/s;
2) Komputer klasy PC lub MAC, o następującej konfiguracji: pamięć min 2GB Ram, procesor Intel IV 2GHZ, jeden z systemów
operacyjnych - MS Windows 7 , Mac Os x 10.4, Linux, lub ich nowsze wersje;
3) Zainstalowana dowolna przeglądarka internetowa obsługująca TLS 1.2, najlepiej w najnowszej wersji w przypadku Internet
Explorer minimalnie wersja 10.0;
4) Włączona obsługa JavaScript;
5) Zainstalowany program Acrobat Reader lub inny obsługujący pliki w formacie .pdf.
6) Rekomendowaną przeglądarką do złożenia oferty jest MS Internet Explorer lub Firefox w wersji wpieranej przez producenta.
7) Uruchomienie oprogramowania do składania podpisu wymaga również zainstalowania Java w wersji 1.8.0_65 lub nowszej,
koniecznie w wersji 32-bitowej, pozwalające na przyjmowanie przez użytkownika sesyjnych plików cookie oraz obsługującej
szyfrowanie. Konieczne jest również dodanie adresu witryny platformy eZamawiający (ezamawiający.pl) do wyjątków (exception site
list) w Javie. Uwaga: wymaga to uprawnień administracyjnych na komputerze.
8) Zainstaluj dedykowany komponent Szafir SDK oraz aplikację Szafir Host, który odpowiada za obsługę funkcjonalności podpisu
elektronicznego w platformie eZamawiający. Rozszerzenie Szafir SDK można pobrać tutaj. Po zainstalowaniu rozszerzenia Szafir
SDK oraz aplikacji Szafir Host należy przeładować bieżącą stronę.
9) Przed uruchomieniem platformy eZamawiający, w pierwszej kolejności podłącz czytnik z kartą kryptograficzną do komputera.
10) Informacje dotyczące odpowiedniego przygotowania stanowiska znajdą Państwa na stronie:
https://oneplace.marketplanet.pl/przygotuj-stanowisko-pc-wykonujac-ponizsze-kroki
11) Zamawiający zgodnie z § 3 ust. 3 ww. Rozporządzenia, określa dopuszczalne formaty przesyłanych danych tj. plików o wielkości
do 100 MB w txt, rtf, pdf ,xps, odt, ods, odp, doc, xls, ppt, docx, xlsx, pptx, csv, jpg, jpeg, tif, tiff, geotiff, png, svg, wav, mp3, avi, mpg,
mpeg, mp4, m4a, mpeg4ogg, ogv, zip, tar, gz, gzip, 7z, html, xhtml, css, xml, xsd, gml, rng, xsl, xslt, TSL, XMLsig, XAdES, CAdES,
ASIC, XMLenc.
12) Zamawiający zgodnie z § 3 ust. 3 ww. Rozporządzenia określa informacje na temat kodowania i czasu odbioru danych tj.: Plik
załączony przez Wykonawcę na Platformie Zakupowej i zapisany, widoczny jest w Systemie, jako zaszyfrowany – format kodowania
UTF8. Możliwość otworzenia pliku dostępna jest dopiero po odszyfrowaniu przez Zamawiającego po upływie terminu otwarcia ofert.
13) Oznaczenie czasu odbioru danych przez Platformę stanowi datę oraz dokładny czas (hh:mm:ss) generowany wg. czasu
lokalnego serwera synchronizowanego odpowiednim źródłem czasu. Ofertę, oświadczenia, o których mowa w art. 125 ust. 1 p.z.p.,
podmiotowe środki dowodowe, pełnomocnictwa, zobowiązanie podmiotu udostępniającego zasoby sporządza się w postaci
elektronicznej, w ogólnie dostępnych formatach danych, w szczególności w formatach .txt, .rtf, .pdf, .doc, .docx, .odt. Ofertę, a także
oświadczenie o jakim mowa w Rozdziale X ust. 1 SWZ składa się, pod rygorem nieważności, w formie elektronicznej lub w postaci
elektronicznej opatrzonej podpisem zaufanym lub podpisem osobistym.

3.8Zamawiający wymaga sporządzenia i przedstawienia ofert przy użyciu narzędzi elektronicznego modelowania danych budowlanych lub innych podobnych narzędzi, które nie są ogólnie dostępne

Nie

3.12Oferta - katalog elektroniczny

Nie dotyczy

3.14Języki, w jakich mogą być sporządzane dokumenty składane w postępowaniu

polski

3.15RODO (obowiązek informacyjny)

Pokaż pełną treść (430 słów)

. Na podstawie art. 13 ust. 1 i 2 rozporządzenia Parlamentu Europejskiego i Rady (UE)
2016/679 dnia 27 kwietnia 2016 r. w sprawie ochrony osób fizycznych w związku z przetwarzaniem danych osobowych i w sprawie
swobodnego przepływu takich danych oraz uchylenia dyrektywy 95/46/WE, dalej „RODO”, informuję, że:
1) Administratorem Pani/Pana danych osobowych jest Państwowy Instytut Weterynaryjny – Państwowy Instytut Badawczy, Aleja
Partyzantów 57, 24-100 Puławy, tel. 81 8893000, sekretariat@piwet.pulawy.pl, NIP 7160010761;
2) Z inspektorem ochrony danych w PIW-PIB, można skontaktować się mailowo: iod@piwet.pulawy.pl;
3) Pani/Pana dane osobowe przetwarzane będą na podstawie art. 6 ust. 1 lit. c RODO w celu przeprowadzenia postępowania o
udzielenie zamówienia publicznego;
4) odbiorcami Pani/Pana danych osobowych będą osoby lub podmioty, którym udostępniona mzostanie dokumentacja postępowania
w oparciu o art. 74 ustawy z dnia 11 września 2019 r. – Prawo zamówień publicznych (t.j. Dz. U. z 2022 r. poz. 1710), dalej „ustawa
Pzp”;
5) Pani/Pana dane osobowe będą przechowywane przez okres 4 lat od dnia zakończenia postępowania o udzielenie zamówienia, a
jeżeli czas trwania umowy przekracza 4 lata, okres przechowywania obejmuje cały czas trwania umowy zgodnie z art. 78 ust. 1 Pzp
oraz przepisami archiwizacyjnymi;
6) Obowiązek podania przez Panią/Pana danych osobowych jest wymogiem ustawowym określonym w przepisach ustawy
Pzp,związanym z udziałem w postępowaniu o udzielenie zamówienia publicznego; konsekwencje niepodania określonych danych
wynikają z ustawy Pzp;7) W odniesieniu do Pani/Pana danych osobowych decyzje nie będą podejmowane w sposób
zautomatyzowany, dane nie będą też profilowane 8) Posiada Pani/Pan:
- prawo dostępu do danych osobowych Pani/Pana dotyczących;
- prawo do sprostowania Pani/Pana danych osobowych, jednak skorzystanie z prawa do sprostowania nie może skutkować zmian wyniku postępowania o udzielenie zamówienia publicznego ani zmianą postanowień umowy w zakresie niezgodnym z ustawą Pzp
oraz nie może naruszać integralności protokołu oraz jego załączników;
- prawo żądania ograniczenia przetwarzania danych osobowych z zastrzeżeniem przypadków, o których mowa w art. 18 ust. 2
RODO, prawo to nie ma zastosowania w odniesieniu do przechowywania, w celu zapewnienia korzystania ze środków ochrony
prawnej lub w celu ochrony praw innej osoby fizycznej lub prawnej, lub z uwagi na ważne względy interesu publicznego Unii
Europejskiej lub państwa członkowskiego; prawo do wniesienia skargi do Prezesa Urzędu Ochrony Danych Osobowych, gdy uzna
Pani/Pan, że przetwarzanie danych osobowych Pani/Pana dotyczących narusza przepisy
RODO;
9) Nie przysługuje Pani/Panu:
a) prawo do usunięcia danych osobowych w związku z art. 17 ust. 3 lit. b, d lub e RODO;
b) prawo do przenoszenia danych osobowych, o którym mowa w art. 20 RODO;
c) prawo sprzeciwu, wobec przetwarzania danych osobowych, gdyż podstawą prawną przetwarzania Pani/Pana danych
osobowych jest art. 6 ust. 1 lit. c RODO.

4.1Informacje ogólne odnoszące się do przedmiotu zamówienia

4.1.1Przed wszczęciem postępowania przeprowadzono konsultacje rynkowe

Nie

4.1.2Numer referencyjny

DZP-23/115/25

4.1.3Rodzaj zamówienia

Usługi

4.1.4Zamawiający udziela zamówienia w częściach, z których każda stanowi przedmiot odrębnego postępowania

Nie

4.1.8Możliwe jest składanie ofert częściowych

Nie

4.1.13Zamawiający uwzględnia aspekty społeczne, środowiskowe lub etykiety w opisie przedmiotu zamówienia

Nie

4.2Informacje szczegółowe odnoszące się do przedmiotu zamówienia

4.2.2Krótki opis przedmiotu zamówienia

Przedmiotem usługi jest sekwencjonowanie genomowe wraz z usługami dodatkowymi, tj. przygotowaniem bibliotek oraz podstawową analizą bioinformatyczną.

Próbki będą wysłane jednorazowo (planowany termin wysłania próbek: październik-listopad 2025 r.).

Przewidywana ilość prób w czasie trwania umowy będzie wynosiła około 54 próbek.

Minimalne wymagane parametry usługi:
 przygotowanie bibliotek do sekwencjonowania w trybie odczytów dwustronnych (sparowanych), długość insertu miedzy adapterami powinna być tak dobrana, aby umożliwić odczyt o długości 300 pz w każdą stronę;
 sekwencjonowanie genomowe w technologii Illumina, platforma MiSeq w trybie odczytów dwustronnych (pair-end), konfiguracja przebiegu sekwencjonowania 2x300bp;
 sekwencjonowanie z minimalnym pokryciem 70x
 podstawowa analiza bioinformatyczna (przycinanie odczytów, ocena jakości sekwencji, przygotowanie plików wynikowych w formacie fasta oraz danych surowych w formacie fastQ)
 ilość odczytów Q30 powyżej 75%

Do Wykonawcy, w celu wykonania usługi, przesłane będą próbki w postaci materiału genetycznego (DNA bakterii):
- Listeria monocytogenes (wielkość genomu ok. 2,9 Mb) – planowana liczba ok. 7 próbek
- Salmonella spp. (wielkość genomu ok. 4,78 Mb) – planowana liczba ok. 2 próbek
- Yersinia spp. (wielkość genomu ok. 4,6 Mb) - planowana liczba ok. 15 próbek
- Staphylococcus aureus (wielkość genomu ok. 2,8 Mb)- planowana liczba ok. 30 próbek

4.2.6Główny kod CPV

73111000-3 - Laboratoryjne usługi badawcze

4.2.8Zamówienie obejmuje opcje

Nie

4.2.10Okres realizacji zamówienia albo umowy ramowej

28 dni

4.2.11Zamawiający przewiduje wznowienia

Nie

4.2.13Zamawiający przewiduje udzielenie dotychczasowemu wykonawcy zamówień na podobne usługi lub roboty budowlane

Nie

4.3Kryteria oceny ofert

4.3.2Sposób określania wagi kryteriów oceny ofert

Procentowo

4.3.3Stosowane kryteria oceny ofert

Kryterium ceny oraz kryteria jakościowe

4.3.5Nazwa kryterium

Cena

4.3.6Waga

90

4.3.4Rodzaj kryterium

serwis posprzedażny, pomoc techniczna, warunki dostawy takich jak termin, sposób lub czas dostawy, oraz okresu realizacji.

4.3.5Nazwa kryterium

termin realizacji zamówienia

4.3.6Waga

10

4.3.10Zamawiający określa aspekty społeczne, środowiskowe lub innowacyjne, żąda etykiet lub stosuje rachunek kosztów cyklu życia w odniesieniu do kryterium oceny ofert

Nie

5.1Zamawiający przewiduje fakultatywne podstawy wykluczenia

Tak

5.2Fakultatywne podstawy wykluczenia

Art. 109 ust. 1 pkt 4

5.3Warunki udziału w postępowaniu

Tak

5.4Nazwa i opis warunków udziału w postępowaniu

Wykonawca spełni warunek, jeżeli wykaże, że w okresie ostatnich 3 lat przed upływem terminu składania ofert, a jeżeli okres prowadzenia działalności jest krótszy - w tym okresie, wykonał lub wykonuje należycie co najmniej 2 umowy na świadczenia polegające na wykonaniu usługi sekwencjonowania genomowego wraz z przygotowaniem bibliotek i analizą bioinformatyczną oraz spełniające następujące wymagania: każda z usług dotyczyła sekwencjonowania genomowego minimum 20 próbek wraz z co najmniej podstawową analizą bioinformatyczną, przedmiotem było sekwencjonowanie pełnych genomów organizmów, w tym sekwencjonowanie genomowe DNA np. monokultur bakteryjnych, zamówienia zostały wykonane lub są wykonywane należycie, zamówienia są wykonywane terminowo.

5.5Zamawiający wymaga złożenia oświadczenia, o którym mowa w art.125 ust. 1 ustawy

Tak

5.6Wykaz podmiotowych środków dowodowych na potwierdzenie niepodlegania wykluczeniu

Oświadczenie wykonawcy, w zakresie art. 108 ust. 1 pkt 5 ustawy, o braku przynależności do tej samej grupy kapitałowej, w rozumieniu ustawy z dnia 16 lutego 2007 r. o ochronie konkurencji i konsumentów (t.j. Dz. U. z 2024 r. poz. 1616 ze zm.), z innym wykonawcą, który złożył odrębną ofertę, ofertę częściową lub wniosek o dopuszczenie do udziału w postępowaniu, albo oświadczenia o przynależności do tej samej grupy kapitałowej wraz z dokumentami lub informacjami potwierdzającymi przygotowanie oferty, oferty częściowej lub wniosku o dopuszczenie do udziału w postępowaniu niezależnie od innego wykonawcy należącego do tej samej grupy kapitałowej – załącznik nr 5 do SWZ;
2) Odpis lub informacja z Krajowego Rejestru Sądowego lub z Centralnej Ewidencji i Informacji o Działalności Gospodarczej, w zakresie art. 109 ust. 1 pkt 4 ustawy, sporządzonych nie wcześniej niż 3 miesiące przed jej złożeniem, jeżeli odrębne przepisy wymagają wpisu do rejestru lub ewidencji;

5.7Wykaz podmiotowych środków dowodowych na potwierdzenie spełniania warunków udziału w postępowaniu

wykaz usług porównywalnych z usługami stanowiącymi przedmiot zamówienia, wykonanych, a w przypadku świadczeń powtarzających się lub ciągłych również wykonywanych, w okresie ostatnich 3 lat, a jeżeli okres prowadzenia działalności jest krótszy – w tym okresie, wraz z podaniem ich wartości, przedmiotu, dat wykonania i podmiotów, na rzecz których dostawy lub usługi zostały wykonane, oraz załączeniem dowodów określających czy te usługi zostały wykonane lub są wykonywane należycie, przy czym dowodami, o których mowa, są referencje bądź inne dokumenty sporządzone przez podmiot, na rzecz którego usługi były wykonywane, a w przypadku świadczeń powtarzających się lub ciągłych są wykonywane, a jeżeli z uzasadnionej przyczyny o obiektywnym charakterze wykonawca nie jest w stanie uzyskać tych dokumentów – oświadczenie wykonawcy; w przypadku świadczeń powtarzających się lub ciągłych nadal wykonywanych referencje bądź inne dokumenty potwierdzające ich należyte wykonywanie powinny być wydane w okresie ostatnich 3 miesięcy - załącznik nr 6 do SWZ;

6.1Zamawiający wymaga albo dopuszcza oferty wariantowe

Nie

6.3Zamawiający przewiduje aukcję elektroniczną

Nie

6.4Zamawiający wymaga wadium

Nie

6.5Zamawiający wymaga zabezpieczenia należytego wykonania umowy

Nie

6.6Wymagania dotyczące składania oferty przez wykonawców wspólnie ubiegających się o udzielenie zamówienia

1. Wykonawcy mogą wspólnie ubiegać się o udzielenie zamówienia. W takim przypadku Wykonawcy ustanawiają pełnomocnika do reprezentowania ich w postępowaniu albo do reprezentowania i zawarcia umowy w sprawie zamówienia publicznego. Pełnomocnictwo winno być załączone do oferty.
2. W przypadku Wykonawców wspólnie ubiegających się o udzielenie zamówienia, oświadczenia, o których mowa w Rozdziale X ust. 1 SWZ, składa każdy z wykonawców. Oświadczenia te potwierdzają brak podstaw wykluczenia oraz spełnianie warunków udziału w zakresie, w jakim każdy z wykonawców wykazuje spełnianie warunków udziału w postępowaniu.
3. Wykonawcy wspólnie ubiegający się o udzielenie zamówienia dołączają do oferty oświadczenie, z którego wynika, które usługi wykonają poszczególni wykonawcy.
4. Oświadczenia i dokumenty potwierdzające brak podstaw do wykluczenia z postępowania składa każdy z Wykonawców wspólnie ubiegających się o zamówienie.
5. Warunek dotyczący zdolności technicznej lub zawodowej Wykonawcy wspólnie ubiegający się o udzielenie zamówienia mogą spełnić w następujący sposób:
- warunek opisany w VIII pkt. 2 ppkt. 4 – jeden z wykonawców wspólnie ubiegających się o zamówienie musi spełnić wymaganie w pełnym zakresie;

6.7Zamawiający przewiduje unieważnienie postępowania, jeśli środki publiczne, które zamierzał przeznaczyć na sfinansowanie całości lub części zamówienia nie zostały przyznane

Tak

7.1Zamawiający przewiduje udzielenia zaliczek

Nie

7.3Zamawiający przewiduje zmiany umowy

Tak

7.4Rodzaj i zakres zmian umowy oraz warunki ich wprowadzenia

Rodzaj i zakres zmian określono w umowie stanowiącej załącznik nr 7

7.5Zamawiający uwzględnił aspekty społeczne, środowiskowe, innowacyjne lub etykiety związane z realizacją zamówienia

Nie

8.1Termin składania ofert

2025-10-02 10:00

8.2Miejsce składania ofert

https://piwet.ezamawiajacy.pl/pn/piwet/demand/233333/notice/public/details

8.3Termin otwarcia ofert

2025-10-02 10:15

8.4Termin związania ofertą

do 2025-11-01