REQUEST FOR QUOTATION No 22 09 2026 NG - Next Generation Sequencing (NGS) of PCR amplicon samples

Sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) próbek amplikonów PCR: kontrola jakości materiału DNA; czystość i integralność DNA muszą zostać zweryfikowane metodą elektroforezy w żelu agarozowym, a wyniki kontroli jakości powinny zostać przedstawione w odrębnym raporcie przed rozpoczęciem dalszego przetwarzania próbek; przygotowanie biblioteki sekwencyjnej bez etapu amplifikacji PCR (PCR-free); weryfikacja jakości biblioteki z wykorzystaniem ilościowej reakcji PCR (qPCR) oraz ocena rozkładu długości fragmentów; sekwencjonowanie przy użyciu wysokoprzepustowej platformy NGS opartej na technologii Sequencing by Synthesis (SBS) oraz technologii patternowanych komórek przepływowych (patterned flow cells), generującej odczyty sparowane o długości 150 pz (PE150) przy Q30 ≥ 85%, z możliwością wyboru wydajności sekwencjonowania wynoszącej 1,5 Gb, 15 Gb lub 30 Gb na bibliotekę, zgodnie z wymaganiami dla poszczególnych próbek; opracowanie raportu podsumowującego proces sekwencjonowania, zawierającego informacje o zastosowanej metodzie i przebiegu procesu, parametrach przebiegu sekwencjonowania oraz analizach statystycznych umożliwiających ocenę jakości sekwencjonowania i pokrycia próbek; bioinformatyczna obróbka danych obejmująca: kontrolę jakości wygenerowanych danych sekwencyjnych; filtrowanie odczytów niskiej jakości oraz odczytów zawierających sekwencje adapterowe; raportowanie parametrów Q20 i Q30; analizę rozkładu wskaźnika błędów; analizę rozkładu zawartości GC; bezpieczne przekazanie danych za pośrednictwem zabezpieczonej hasłem chmury obliczeniowej; dostęp do chronionego hasłem konta online umożliwiającego monitorowanie bieżącego statusu zamówienia; regularna komunikacja dotycząca postępu projektu i etapów przetwarzania próbek za pośrednictwem dedykowanego kierownika projektu; zapewnienie wsparcia technicznego i obsługi klienta przez cały okres obowiązywania umowy. Szacowany zakres umowy: przygotowanie bibliotek sekwencyjnych - minimum 10 bibliotek, maksimum 100 bibliotek; sekwencjonowanie - minimum 100 Gb, maksimum 1000 Gb (głębokość sekwencjonowania). Powyższe zakresy stanowią minimalny i maksymalny wolumen zamówień, które mogą zostać złożone przez Zamawiającego w ramach umowy. Zamawiający nie jest zobowiązany do wykorzystania maksymalnego wolumenu wskazanego powyżej, a Wykonawcy nie będą przysługiwać żadne roszczenia z tytułu złożenia zamówień o wartości lub wolumenie niższym niż maksymalny określony w umowie. *** Next Generation Sequencing (NGS) of PCR amplicon samples:  quality control of the DNA material; purity and integrity must be verified using agarose gel electrophoresis, with quality control results provided in a separate report prior to further sample processing;  preparation of a PCR-free sequencing library;  verification of library quality using quantitative PCR (qPCR) and subsequent assessment of fragment length distribution;  sequencing using a high-throughput next-generation sequencing platform based on Sequencing by Synthesis (SBS) technology and patterned flow cell technology, generating paired-end 150 bp reads (PE150) with Q30 ≥ 85%, with available sequencing output options of 1.5 Gb, 15 Gb, or 30 Gb per library, selectable according to the requirements of each sample;  generation of a report summarizing the sequencing process, including information on the sequencing method and workflow, sequencing run parameters, and statistical analyses enabling assessment of sequencing quality and sample coverage;  bioinformatic data processing including: o quality control of generated sequencing data; o filtering of low-quality reads and reads containing adapter sequences; o reporting of Q20 and Q30 metrics; o error rate distribution analysis; o GC content distribution analysis;  secure, password-protected delivery of data via cloud-based storage;  access to a password-protected online account enabling tracking of current order status;  regular communication regarding project progress and sample processing stages through a dedicated project manager;  provision of technical support and customer care throughout the contract period. Estimated scope of the contract: library preparation - minimum 10 libraries, maximum 100 libraries; sequencing - minimum 100 Gb, maximum 1000 Gb (sequencing depth). The above ranges constitute the minimum and maximum volume of orders that may be placed by the Ordering Party under the contract; the Contractor shall have no claim in respect of orders below the maximum volume.

Kraków, Kraków, małopolskie