Roczna, sukcesywna dostawa specjalistycznych odczynników produkowanych przez firmę ILLUMINA NRTHERLANDS BV oraz firmę 10xGenomics.

Część dostaw będzie współfinansowana przez Unię Europejską ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego oraz ze środków budżetu państwa od Agencji Badań Medycznych w ramach umów o dofinansowanie następujących projektów: POIR.04.02.00-30-A004/16; POIR.04.02.00-00-D017/20; POIR.01.01.01-00-1877/20; POIR.01.01.01-00-2450/20; 2021/ABM/05/00004-00

Przedmiotem zamówienia jest roczna, sukcesywna dostawa przez Wykonawcę do siedziby Zamawiającego kompletnych zestawów specjalistycznych odczynników produkowanych przez firmy ILLUMINA NETHERLANDS BV i 10x Genomics, tj.:
1) kompletnych zestawów specjalistycznych odczynników pozwalających na tworzenie klastrów oraz sekwencjonowania RNA i DNA z wykorzystaniem platform: NovaSeq 6000 oraz NextSeq 550 produkowanych przez firmę ILLUMINA NETHERLANDS BV.
Zestawy muszą umożliwiać sekwencjonowanie:
• w technologii sekwencjonowania przez syntezę;
• w zakresie analizy całych genomów, egzomów, transkryptomów, badania ekspresji genów oraz wykorzystania paneli celowanych;
• dla platformy Novaseq 6000:
o sekwencjonowanie w trybie odczytów pojedynczych (SR, ang. single reads) lub sparowanych (PE, ang. paired-end reads) o zmiennej długości, w zakresie co najmniej od 1x35 pz do 2x250 pz;sekwencjonowanie na płytkach sekwencyjnych o różnej pojemności, gwarantując maksymalną liczbę odczytów generowaną w jednym cyklu pracy urządzenia na jednej płytce co najmniej w zakresie od 600 milionów do 8 miliardów w trybie SR i od 1,3 miliarda do 16 miliardów w trybie PE;
• dla platformy NextSeq 550:
o sekwencjonowanie w trybie średniej przepustowości (do 39 Gb podczas jednego cyklu pracy) oraz wysokiej przepustowości (do 120 Gb podczas jednego cyklu pracy);
o sekwencjonowanie w trybie SR i PR w zakresie długości odczytów co najmniej: 2x150 pz i 2x75 pz w trybie średniej przepustowości oraz 2x150 pz, 2x75 pz, 1x75 pz w trybie wysokiej przepustowości;
o sekwencjonowanie w zakresie liczby uzyskiwanych odczytów co najmniej: 130 milionów pojedynczych odczytów i 260 milionów odczytów sparowanych w trybie średniej przepustowości i odpowiednio 400 milionów i 800 milionów w trybie wysokiej przepustowości.

Przewidywany koszt zakupów dla części 1 szacujemy na około 12 500 000,00 zł brutto
2) zestawów specjalistycznych odczynników do przygotowania bibliotek do sekwencjonowania następnej generacji produkowanych przez firmę ILLUMINA NETHERLANDS BV., tj. kompletnych zestawów umożliwiających przeprowadzenie analiz typu:
• sekwencjonowanie amplikonów,
• ChiP-seq,
• sekwencjonowanie egzomów,
• sekwencjonowanie całogenomowe,
• sekwencjonowanie metylomu,
• sekwencjonowanie transkryptomów,
• sekwencjonowanie miRNA i krótkich RNA.

Przewidywany koszt zakupów dla części 2 szacujemy na około 860 000,00 zł brutto.
3) zestawów specjalistycznych odczynników do analiz pojedynczych komórek oraz transkryptomiki i proteomiki przestrzennej produkowanych przez firmę 10x Genomics, tj. kompletnych zestawów odczynników umożliwiających:
• analizę ekspresji genów (3’) na poziomie całego transkryptomu dla 100-1000 komórek i dla 500-10 000 komórek ,
• analizę dostępności chromatyny na poziomie pojedynczych komórek, analiz typu ATAC-seq (ang. Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequencing),
• multiomiczną analizę receptorów komórek B lub T (BCR/TCR), ekspresję białek powierzchniowych, identyfikację sgRNA (CRISPR), swoistość antygenową oraz ekspresję genów (5’) z poziomu pojedynczej komórki,
• jednoczesną analizę ekspresji genów oraz dostępności chromatyny na poziomie pojedynczych komórek,
• profilowanie transkryptomu z utrwalonych komórek z wykorzystaniem sond,
• izolację jąder komórkowych,
• przestrzenną analizę ekspresji genów.
Przewidywany koszt zakupów dla części 3 szacujemy na około 1 217 700 zł brutto.

Łączny koszt zakupów dla wszystkich trzech części wynosi około 14 577 700 zł brutto.
Termin ważności dostarczanych odczynników nie może być krótszy niż 80% maksymalnego terminu ważności dla danego produktu.