Usługa sekwencjonowania całego genomu (Whole Genome Sequencing, WGS) w technologii długich odczytów (long-read sequencing)

1. Komunikacja między Zamawiającym, a Wykonawcami odbywać się będzie drogą elektroniczną przy użyciu platformy zakupowej. Adres strony internetowej prowadzonego postępowania Zamawiający wskazał w rozdziale I punkt 2 niniejszej SWZ.
2. Zamawiający informuje, że instrukcje korzystania z Platformy dotyczące w szczególności logowania, składania wniosków o wyjaśnienie treści SWZ, składania ofert, odbierani dokumentów elektronicznych, zmiana lub wycofanie oferty oraz innych czynności podejmowanych w niniejszym postępowaniu przy użyciu Platformy znajdują się w zakładce „Instrukcje dla Wykonawców” na stronie internetowej pod adresem: https://platformazakupowa.pl/strona/45-instrukcje
3. Formaty plików wykorzystywanych przez wykonawców powinny być zgodne z “ROZPORZĄDZENIEM PREZESA RADY MINISTRÓW z dnia 21 maja 2024 r. w sprawie Krajowych Ram Interoperacyjności, minimalnych wymagań dla rejestrów publicznych i wymiany informacji w postaci elektronicznej oraz minimalnych wymagań dla systemów teleinformatycznych”.

Zgodnie z art. 13 ust. 1 i 2 rozporządzenia Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) 2016/679 z dnia 27 kwietnia 2016 r. w sprawie ochrony osób fizycznych w związku z przetwarzaniem danych osobowych i w sprawie swobodnego przepływu takich danych oraz uchylenia dyrektywy 95/46/WE (ogólne rozporządzenie o ochronie danych) (Dz. Urz. UE L 119 z 04.05.2016, str. 1), dalej „RODO”, informuję, że:
1. Administratorem Pani/Pana danych osobowych jest Gdański Uniwersytet Medyczny, ul. M. Skłodowskiej-Curie 3a, 80-210 Gdańsk, kontakt z Inspektorem ochrony danych osobowych możliwy jest pod adresem email: iod@gumed.edu.pl
2. Pani/Pana dane osobowe przetwarzane będą na podstawie:
- art. 6 ust. 1 lit c RODO w związku z ustawą z dnia 11 września 2019 r. Prawo zamówień publicznych (t.j. Dz. U. z 2024 r., poz. 1320 ze zm.), dalej „Pzp”, Rozporządzeniem Ministra Rozwoju, Pracy i Technologii z dnia 23 grudnia 2020 r. w sprawie podmiotowych środków dowodowych oraz innych dokumentów lub oświadczeń, jakich może żądać zamawiający od wykonawcy w celu przeprowadzenia i rozstrzygnięcia postępowania o udzielenie zamówienia publicznego (Dz. U.2020, poz. 2415),
- art. 6 ust. 1 lit. b RODO w celu zawarcia z wybranym wykonawcą umowy w sprawie zamówienia publicznego i wykonania tej umowy.
3. Odbiorcami Pani/Pana danych osobowych będą osoby lub podmioty, którym udostępniona zostanie dokumentacja postępowania na podstawie art. 18 oraz art. 74 Pzp oraz organy publiczne lub inne podmioty upoważnione na podstawie przepisów prawa lub podmioty świadczące usługi techniczne, informatyczne oraz doradcze, w tym usługi prawne i konsultingowe, firmy archiwizujące dokumenty, operator pocztowy.
4. Pani/Pana dane osobowe będą przechowywane, zgodnie z art. 78 ust. 1 oraz ust. 4 Pzp przez okres 4 lat od dnia zakończenia postępowania o udzielenie zamówienia, a jeżeli czas trwania umowy przekracza 4 lata, okres przechowywania obejmuje cały czas trwania umowy w sprawie zamówienia publicznego;
5. Podanie danych jest niezbędne do wzięcia udziału w postępowaniu. Obowiązek podania przez Panią/Pana danych osobowych bezpośrednio Pani/Pana dotyczących jest wymogiem określonym w przepisach Pzp i przepisach wykonawczych, związanym z udziałem w postępowaniu o udzielenie zamówienia publicznego; konsekwencje niepodania określonych danych wynikają z ustawy Pzp.
6. W odniesieniu do Pani/Pana danych osobowych decyzje nie będą podejmowane w sposób zautomatyzowany, stosowanie do art. 22 RODO;
7. Posiada Pani/Pan:
− na podstawie art. 15 RODO prawo dostępu do danych osobowych Pani/Pana dotyczących;
− na podstawie art. 16 RODO prawo do sprostowania Pani/Pana danych osobowych
− na podstawie art. 18 RODO prawo żądania od administratora ograniczenia przetwarzania danych osobowych z zastrzeżeniem przypadków, o których mowa w art. 18 ust. 2 RODO;
− prawo do wniesienia skargi do Prezesa Urzędu Ochrony Danych Osobowych, gdy uzna Pani/Pan, że przetwarzanie danych osobowych Pani/Pana dotyczących narusza przepisy RODO;
17. Nie przysługuje Pani/Panu:
− w związku z art. 17 ust. 3 lit. b, d lub e RODO prawo do usunięcia danych osobowych;
− prawo do przenoszenia danych osobowych, o którym mowa w art. 20 RODO;
− na podstawie art. 21 RODO prawo sprzeciwu wobec przetwarzania danych osobowych, gdyż podstawą prawną przetwarzania Pani/Pana danych osobowych jest art. 6 ust. 1 lit. c RODO.
18. Zgodnie z art. 75 Pzp w przypadku korzystania przez osobę z uprawnienia, o którym mowa w art. 15 ust. 1-3 RODO zamawiający może żądać od osoby, występującej z żądaniem wskazania dodatkowych informacji, mających na celu sprecyzowanie nazwy lub daty zakończonego postępowania o udzielenie zamówienia.

European Network for improved molecular diagnostics of the Neurofibromatoses-schwannomatoses and related disorders”, finansowanym przez Narodowe Centrum Badań i Rozwoju (nr umowy EJPRD/IV/36/EURONET-NF/2023). 2. Szczegółowy opis przedmiotu, zakres i sposób realizacji został opisany w załączniku nr 3 – opis przedmiotu zamówienia (OPZ), do niniejszej Specyfikacji Warunków Zamówienia, zwanej dalej SWZ. 3. Usługa musi zostać wykonana z wykorzystaniem technologii sekwencjonowania długich odczytów (long-read sequencing), zapewniającej uzyskanie danych o parametrach określonych w OPZ. 4. Wymagana technologia musi zapewniać uzyskanie wysokiej dokładności poprzez wielokrotne odczytywanie tej samej fizycznej cząsteczki DNA w ramach pojedynczego procesu sekwencjonowania i generowanie na tej podstawie konsensusu wewnątrzcząsteczkowego (Circular Consensus Sequencing, CCS lub rozwiązanie równoważne). 5. Jako rozwiązanie referencyjne Zamawiający wskazuje technologię PacBio HiFi na platformie PacBio Revio. 6. Zamawiający dopuszcza równoważność dla systemu Revio – szczególy zostały określone w załączniku nr 3 do SWZ pkt. 2 lit. d) – e).

8. Zakres zamówienia obejmuje, zamówienie podstawowe oraz zamówienie objęte opcją tj. zakres podstawowy oraz zakres opcjonalny – zgodnie z załącznikami nr 1.1 oraz załącznikiem nr 3 do SWZ.
podstawa - 12 próbek
opcja - 6 próbek

a) Zamawiający informuje, że zamówienie podstawowe jest to zamówienie, które zostanie zlecone Wykonawcy.
b) Zamówienie objęte prawem opcji to zamówienie, z którego Zamawiający skorzysta w zależności od kierunku badań i bieżących potrzeb Zamawiającego.
c) Zamawiający zastrzega sobie prawo do niezrealizowania zamówienia z prawa opcji w części lub w całości. Z tego tytułu Wykonawca nie będzie wysuwał w stosunku do Zamawiającego żadnych roszczeń.
d) O skorzystaniu z prawa opcji Zamawiający każdorazowo będzie powiadamiał przedstawiciela Wykonawcy wskazanego w Umowie.

4) zdolności technicznej lub zawodowej: a) Zamawiający uzna warunek za spełniony, jeżeli Wykonawca wykaże, że w okresie ostatnich trzech (3) lat, a jeżeli okres prowadzenia działalności jest krótszy - w tym okresie, wykonał co najmniej trzy (3) usługi polegające na sekwencjonowaniu całego genomu (Whole Genome Sequencing, WGS) w technologii długich odczytów (long-read sequencing) o wartości nie mniejszej niż 34.000 PLN (netto) każda wykazana usługa. Uwaga: • Zamawiający informuje, że w przypadku Wykonawców wspólnie ubiegających się o udzielenie zamówienia, jak i w przypadku pozostałych Wykonawców, warunek musi zostać w całości spełniony przez jeden podmiot. Zamawiający nie dopuszcza łączenia potencjałów wielu podmiotów w celu wykazania doświadczenia w tym warunku. • W przypadku Wykonawców zagranicznych, wartość usługi (kwota) może zostać podana w EUR, USD i zostanie przeliczona na złote polskie (PLN) według kursu średniego EUR, USD publikowanego przez NBP z dnia poprzedzającego dzień otwarcia ofert w niniejszym postępowaniu. b) Zamawiający uzna warunek za spełniony, jeżeli Wykonawca wykaże, że posiada certyfikat Pacbio Certified Service Provider dla systemu Revio. Zamawiający dopuszcza dokument równoważny potwierdzający, że dane laboratorium przeszło szkolenie i walidację procesów przygotowania próbek oraz analizy danych w technologii sekwencjonowania HiFi długich odczytów.

1. Zamawiający wezwie Wykonawcę, którego oferta została najwyżej oceniona, do złożenia w wyznaczonym terminie, nie krótszym niż 5 dni od dnia wezwania, podmiotowych środków dowodowych, aktualnych na dzień ich złożenia (art. 274 ust. 1 ustawy pzp) tj.:

1) odpis lub informacja z Krajowego Rejestru Sądowego lub z Centralnej Ewidencji i Informacji o Działalności Gospodarczej w zakresie art. 109 ust. 1 pkt 4) ustawy, sporządzonych nie wcześniej niż 3 miesiące przed jej złożeniem, jeżeli odrębne przepisy wymagają wpisu do rejestru lub ewidencji,

Wykonawca zamiast odpowiednich podmiotowych środków dowodowych wskazanych powyżej, może wykazać brak podstaw wykluczenia, o których mowa w art. 109 ust. 1 pkt 4 ustawy Pzp lub spełnianie warunków udziału w postępowaniu, o którym mowa w rozdz. VII niniejszej SWZ, poprzez przedłożenie ważnego certyfikatu Wykonawcy wydanego przez uprawniony podmiot certyfikujący w zakresie objętym certyfikatem, zgodnie z przepisami ustawy z dnia 5 sierpnia 2025 r. o certyfikacji wykonawców zamówień publicznych (Dz. U. 2025 r. poz. 1235 ze zm.). - zgodnie z rozdz. VIII SWZ

1. Zamawiający wezwie Wykonawcę, którego oferta została najwyżej oceniona, do złożenia w wyznaczonym terminie, nie krótszym niż 5 dni od dnia wezwania, podmiotowych środków dowodowych, aktualnych na dzień ich złożenia (art. 274 ust. 1 ustawy pzp) tj.:

2) wykaz usług wykonanych nie wcześniej niż w okresie ostatnich 3 lat, a jeżeli okres prowadzenia działalności jest krótszy – w tym okresie, wraz z podaniem ich wartości, przedmiotu, dat wykonania i podmiotów, na rzecz których dostawy lub usługi zostały wykonane lub są wykonywane, oraz załączeniem dowodów określających, czy te dostawy lub usługi zostały wykonane lub są wykonywane należycie, przy czym dowodami, o których mowa, są referencje bądź inne dokumenty sporządzone przez podmiot, na rzecz którego dostawy lub usługi zostały wykonane, a w przypadku świadczeń powtarzających się lub ciągłych są wykonywane, a jeżeli wykonawca z przyczyn niezależnych od niego nie jest w stanie uzyskać tych dokumentów – oświadczenie wykonawcy; w przypadku świadczeń powtarzających się lub ciągłych nadal wykonywanych referencje bądź inne dokumenty potwierdzające ich należyte wykonywanie powinny być wystawione w okresie ostatnich 3 miesięcy, (załącznik nr 5 do SWZ).
3) Certyfikat – Pacbio Certified Service Provider dla systemu Revio lub dokumentu równoważnego.

Wykonawca zamiast odpowiednich podmiotowych środków dowodowych wskazanych powyżej, może wykazać brak podstaw wykluczenia, o których mowa w art. 109 ust. 1 pkt 4 ustawy Pzp lub spełnianie warunków udziału w postępowaniu, o którym mowa w rozdz. VII niniejszej SWZ, poprzez przedłożenie ważnego certyfikatu Wykonawcy wydanego przez uprawniony podmiot certyfikujący w zakresie objętym certyfikatem, zgodnie z przepisami ustawy z dnia 5 sierpnia 2025 r. o certyfikacji wykonawców zamówień publicznych (Dz. U. 2025 r. poz. 1235 ze zm.). - zgodnie z rozdz. VIII SWZ

a) formularz cenowy – załącznik nr 1.1 – w postaci elektronicznej opatrzony kwalifikowanym podpisem elektronicznym, podpisem zaufanym lub podpisem osobistym,
b) oświadczenie o niepodleganiu wykluczeniu w postępowaniu – załącznik nr 2 – w postaci elektronicznej opatrzone kwalifikowanym podpisem elektronicznym, podpisem zaufanym lub podpisem osobistym,
c) oświadczenie o spełnianiu warunków udziału w postępowaniu – załącznik nr 2.1 – w postaci elektronicznej opatrzone kwalifikowanym podpisem elektronicznym, podpisem zaufanym lub podpisem osobistym,
d) jeżeli dotyczy – zobowiązanie podmiotu udostępniającego zasoby – zgodnie z zapisem rozdz. VII SWZ;
e) jeżeli dotyczy – oświadczenie z art. 117 ust. 4 Pzp – załącznik nr 6.
f) jeżeli dotyczy – pełnomocnictwo, upoważniające do złożenia oferty.

a) oferta wspólna powinna być sporządzona zgodnie z SWZ, b) sposób składania dokumentów w ofercie wspólnej: − dokumenty, dotyczące własnej firmy, takie jak np.: oświadczenie o braku podstaw do wykluczenia składa każdy z Wykonawców składających ofertę wspólną we własnym imieniu; − dokumenty wspólne takie jak np.: formularz ofertowy, formularz cenowy, dokumenty podmiotowe i przedmiotowe składa pełnomocnik Wykonawców w imieniu wszystkich Wykonawców składających ofertę wspólną; c) kopie dokumentów dotyczących każdego z Wykonawców składających ofertę wspólną muszą być poświadczone za zgodność z oryginałem przez osobę lub osoby upoważnione do reprezentowania tych Wykonawców. W przypadku, gdyby wyłoniona w prowadzonym postępowaniu oferta została złożona przez dwóch lub więcej Wykonawców wspólnie ubiegających się o udzielenie zamówienia publicznego (np. konsorcjum), Zamawiający przed podpisaniem umowy w sprawie zamówienia publicznego może zażądać umowy regulującej współpracę tych podmiotów, która w sposób nie budzący wątpliwości określa:  przedsiębiorców odpowiedzialnych za złożoną ofertę i wykonanie zamówienia,  oznaczenie celu gospodarczego dla którego umowa została zawarta,  oznaczenie czasu trwania umowy, który nie może być krótszy, niż okres obejmujący realizację zamówienia  oznaczenie sposobu prowadzenia spraw konsorcjum oraz zasady reprezentacji. Zamawiający wszelką korespondencję oraz rozliczanie za wykonane dostawy prowadzić będzie z upoważnionym reprezentantem konsorcjum.  określenie sposobu ustania umowy konsorcjum.

ZMIANY UMOWY
1. Wszelkie zmiany niniejszej umowy wymagają dla swej ważności formy pisemnej (aneksu) pod rygorem nieważności i będą dopuszczalne w granicach unormowania art. 454 i art. 455 Pzp.
2. Zmiany postanowień umowy dopuszczalne są w następujących przypadkach, po uprzednim poinformowaniu drugiej Strony o ich wystąpieniu:
a) zmiany statusu prawnego którejkolwiek ze Stron,
b) odwołania realizacji umowy przez Zamawiającego lub zmiany terminu realizacji umowy, skutkującej koniecznością zaniechania realizacji albo zmiany terminu realizacji umowy;
c) odwołania realizacji umowy lub zmiany terminu realizacji umowy w innych niż wymienione w lit. b) uzasadnionych przypadkach, niezawinionych przez Strony umowy, przy czym w przypadku zmiany terminu realizacji umowy, nowy termin realizacji umowy zostanie ostatecznie ustalony z Wykonawcą nie później niż w terminie 14 dni od dokonania powyższej zmiany;
d) zmiany ilości zamawianych odczytów;
e) zmiany w zakresie sposobu realizacji umowy lub terminu realizacji umowy w przypadku zaistnienia siły wyższej lub wprowadzenia stanu zagrożenia epidemicznego;
f) zwiększenia bądź zmniejszenia stawek podatku od towarów i usług, podatku akcyzowego, cła na podstawie odrębnych przepisów, które wejdą w życie po dniu zawarcia Umowy, a przed wykonaniem przez Wykonawcę obowiązku, po wykonaniu którego Wykonawca jest uprawniony do uzyskania Wynagrodzenia. Wynagrodzenie Wykonawcy może ulec odpowiedniemu zwiększeniu bądź zmniejszeniu, jeżeli w wyniku zastosowania zmienionych stawek podatków ulega zmianie kwota należnego podatku oraz Wynagrodzenie Wykonawcy uwzględniające podatek od towarów i usług.
3. Zmiany, o których mowa w ust. 2 lit. b), e) nie skutkują odpowiedzialnością odszkodowawczą Zamawiającego względem Wykonawcy, co Wykonawca niniejszym potwierdza, a nadto nie wymagają dla swej ważności zachowania formy pisemnej w postaci aneksu do umowy i dokonywane będą na podstawie oświadczenia przedstawiciela Zamawiającego, przekazanego na piśmie, za pośrednictwem faksu lub poczty elektronicznej na dane wskazane w niniejszej umowie.
4. Dopuszcza się również zmianę umowy w przypadku konieczności wykonania dodatkowych odczytów, których wykonanie okaże się niezbędne, i nie było możliwe wcześniej do przewidzenia. W takim przypadku ceny podane w ofercie Wykonawcy pozostają niezmienne. W takim przypadku zmiana umowy jest dopuszczalna pod warunkiem, że łączna wartość wykonania dodatkowych odczytów jest mniejsza niż kwoty określone w przepisach wydanych na podstawie art. 11 ust. 8 ustawy Pzp i jest mniejsza od 10% wartości zamówienia określonej pierwotnie w umowie.