Zapytanie ofertowe dotyczące wyboru Wykonawcy nr 1/03/2021
Celem zamówienia jest wybór Wykonawcy zadań merytorycznych w zakresie prac badawczych obejmujących 12 iteracji eksperymentów na danych medycznych i niemedycznych zawierających wiele modalności, takich jak USG, RTG i CT, CT z kontrastem i CT bez kontrastu, EKG i USG, EEG (wiele elektrod) oraz sygnały cyfrowe Video, Audio lub innych czujników, badania przekrojowe metod wykorzystywanych w celu analizy tych danych z użyciem sztucznych sieci neuronowych celem konstrukcji modelu ekstrakcji atrybutów, zapewnienia konsultacji naukowych celem optymalizacji badań oraz przygotowania skryptów transformujących popularne formaty danych do uspójnionej reprezentacji macierzy formatu NPY, w ramach projektu platformy do zarządzania danymi oraz modelami sieci neuronowych, wraz z przekazaniem wszelkich praw własności intelektualnej do stworzonych rozwiązań na Zamawiającego w projekcie: „SPIN - system spiralnej produkcji i nadzorowania danych przemysłowych do eksperymentów w procesach badawczo rozwojowych” dla którego OKE Poland Sp. z o.o.(Zamawiający) ubiega się
o dofinansowanie w ramach Działania 1.1 „Projekty B+R Przedsiębiorstw” Poddziałania 1.1.1 „Badania przemysłowe i prace rozwojowe realizowane przez przedsiębiorstwa” Programu Operacyjnego Inteligentny Rozwój 2014-2020, współfinansowanego ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Konkurs 1/1.1.1/2021 - Szybka ścieżka.
Przedmiotem zamówienia jest dostawa usługi.
Szczegółowy opis przedmiotu zamówienia:
● Zadanie 1:
Opracowanie, w języku Python (>=3.6), skryptów konwersji danych dostarczonych przez Wykonawcę do formatu macierzy NPY, rozwiniętych o dokumentację ich wykorzystania i interpretacji, wraz z wykonaniem analogicznych narzędzi dla najpopularniejszych formatów danych dla badań diagnostycznych CT, USG, MRI, fMRI, RTG, EKG, EEG oraz sygnałów cyfrowych video i audio oraz innych o wielu modalnościach Efektem zadania ma być repozytorium skryptów konwersji danych dla późniejszych eksperymentów, podlegającego akceptacji po stronie zamawiającego. Z zadania wyłączone są formaty o zaszyfrowanej komercyjnej strukturze wymagające zakupu konwerterów od producentów.
● Zadanie 2:
Opracowanie i przeprowadzenie szczegółowego badania przekrojowego z zakresu stosowania głębokich sieci neuronowych dla danych o strukturze zunifikowanej w ramach Zadania 1. Rezultatem zadania ma być wyłonienie preferowanych struktur sieci neuronowych, wraz z ich implementacjami i serializowanymi modelami dla każdego z opracowanych w Zadaniu 1 problemów, oparte na rzetelnym protokole eksperymentalnym i analizie statystycznej.
● Zadanie 3:
Zapewnienie 240 godzin konsultacji na cały okres trwania projektu, z zakresu:
- Reprezentacji danych, ich konwersji oraz interpretacji tego procesu.
- Diagnostyki i analizy źródeł danych dostarczonych w ramach Zadania 1.
- Analizy i bieżącej korekty struktur modeli głębokich, zaproponowanych w ramach Zadania 2.
- Weryfikacji protokołu eksperymentalnego na potrzeby ewaluacji implementowanych metod.
● Zadanie 4:
Przeprowadzenie badań z wykorzystaniem modeli opracowanych w ramach Zadania 2, uwzględniających:
- Weryfikację wyznaczonych etykiet bazowych (ground truth) danych
- Sporządzenie zestawu wyników metryk jakościowych
- Sporządzenie kompleksowej analizy porównawczej dla etykietowania przy użyciu zaproponowanej metody (anotacja spiralna, active learning) w stosunku do etykietowania ręcznego
● Zadanie 5:
Dostarczenie repozytorium co najmniej 5 zbiorów danych dla eksperymentów 1-3, podlegającego akceptacji po stronie zamawiającego, w ramach repozytorium udostępnione powinny być zbiory danych które nie podlegają wyłączności z innymi podmiotami podwykonawcy, mogą zostać udostępnione publicznie i nie podlegają tajemnicy medycznej. Zamawiający dopuszcza możliwość wykorzystania zbiorów publicznych pod warunkiem ich weryfikacji spójności. 2 zbiory danych powinny zawierać dane medyczne, a 3 zbiory dowolne zawierające co najmniej dwie modalności. Liczebność zbioru powinna wynosić co najmniej 1000 unikalnych ramek danych.
● Zadanie 6:
Sporządzenie szczegółowego raportu z badań, zawierającego opis zbiorów danych, opis zastosowanego protokołu eksperymentalnego, szczegółowy opis rezultatów badań wraz z wnioskami popartymi analizą statystyczną (5×2 Cross-Validation [Introduction to machine learning, Ethem Alpaydin, s .488]) oraz komentarzem eksperta nadzorującego w zakresie potencjalnych konsekwencji błędów systemu predykcyjnego, stanowiącym podstawę do określenia kosztu błędnych decyzji w każdej z klas problemów.
