ZAPYTANIE OFERTOWE NR VCT/CKD/26/2026 - Usługa wykonania analizy bioinformatycznej danych przekazanych przez Zamawiającego

Wybrany Wykonawca odpowiedzialny będzie za wykonanie usługi polegającej na analizie bioinformatycznej danych przekazanych przez Zamawiającego. Usługa zewnętrzna obejmuje analizy danych otrzymanych za pomocą metody sekwencjonowania następnej generacji NGS oraz sekwencjonowania białek. Analiza bioinformatyczna wyników NGS obejmuje mapowanie i normalizację transkryptów wyodrębnienie transkryptów kodujących, niekodujących i pseudogenów. Dane zostaną dostarczone w formacie plików FASTQ po procesie demultipleksowania. Organizm / genom referencyjny: Felis catus. Zamawiający wskazuje użycie możliwie najnowszej wersji genomu/annotacji. Zamawiający na tym etapie nie może szczegółowo określić technologii użytej do sekwencjonowania NGS. Zamawiający dopuszcza sekwencjonowanie NGS np. technologią Illumina w trybie PE150 lub równoważną. Dane zawierają replikaty biologiczne (n = 2 lub n = 3). Zamawiający zdefiniował schemat porównań (grupy, warunki, punkty czasowe) do analizy różnicowej ekspresji (DEGs). Analizy sekwencji białek powinny uwzględniać m.in.: filtrację danych, testowanie wartości odstających, sporządzanie wykresów wariancji za pomocą PCA, grupowanie, statystykę oraz interpretację wyników. Zamawiający na tym etapie nie może szczegółowo określić metody użytej w badaniach proteomiki. Zamawiający dopuszcza analizy proteomiczne z wykorzystaniem spektrometrii mas (LC-MS/MS) lub innej równoważnej metody. Zamawiający do analizy przekaże gotową macierz intensywności białek. Zamawiający wskazuje wykorzystanie aktualnego proteomu referencyjnego dla organizmu Felis catus pochodzącego z bazy UniProt (UniProt Reference Proteome, łączny zestaw Swiss-Prot + TrEMBL) lub równoważnej. Wykonanie analizy bioinformatyczno-statystycznej dostarczonych przez Zamawiającego danych obejmuje również: - konsultacje merytoryczne w zakresie przygotowanego planu analiz z uwzględnieniem planowanych narzędzi badawczych i przyjętych konstruktów teoretycznych (łącznie 1 godzina w trybie zdalnym); - przygotowanie surowych danych przeznaczonych do analizy; - bieżące konsultacje dotyczące oceny, interpretacji i generalizacji przekazanych wyników oraz wykonywanych analiz (łącznie 1 godzina w trybie zdalnym). - wykonanie analiz kierunkowych z zastosowaniem modeli analizy wielowymiarowych oraz innych metod koniecznych do przeprowadzenia analiz wspomnianych danych przy założeniu określonych tez. Wykonawca po zakończeniu prac przekaże Zamawiającemu raport wraz z danymi do analiz bioinformatycznych obejmujący: - mapowanie odczytów do genomu referencyjnego - podliczenie ilości odczytów zmapowanych do poszczególnych genów - przypisanie adnotacji dla genów - analiza różnicowa ekspresji w obrębie porównań (DEGs) - interpretacja funkcjonalną opartą na ontologii genów (GO) i szlakach KEGG - analiza GSEA (Gene Set Enrichment Analysis) - identyfikacja istotnych szlaków biologicznych lub funkcji genów na podstawie wzorca ich ekspresji. Przedstawienie wyników powyższych analiz nastąpi w postaci raportów/zestawień zawierających szczegółowe wyjaśnienie zastosowanych analiz z uzasadnieniem doboru testów statystycznych oraz graficzne przedstawienie wyników w formie, która ma stanowić bazę m.in. do przygotowania opracowań naukowych (publikacji). Wykonawca po zakończeniu prac przekaże Zamawiającemu szczegółowego opisu metodyki wszystkich wykonanych analiz. Liczba próbek do analizy: minimum 18 (w tym 9 - 18 próbek do analiz danych transkryptomicznych i 9-18 próbek analiz danych proteomicznych). Miejsce realizacji zamówienia: wskazane przez Wykonawcę. Zamówienie winno zostać zrealizowane zgodnie z najwyższymi standardami środowiskowymi, zapewniającymi minimalizację zużycia materiałów, surowców i energii. Jeśli w opisie przedmiotu zamówienia występują: nazwy konkretnego produktu, normy jakościowe, nazwy własne, patenty, znaki towarowe, typy, standardy należy to traktować jedynie jako pomoc w opisie przedmiotu zamówienia. W każdym przypadku dopuszczalne są rozwiązania równoważne pod względem funkcjonalności, jakości. Jeżeli w opisie przedmiotu zamówienia wskazano jakikolwiek znak towarowy, patent czy pochodzenie - należy przyjąć, że wskazane patenty, znaki towarowe, pochodzenie określają parametry techniczne, eksploatacyjne, użytkowe, co oznacza, że Zamawiający dopuszcza złożenie ofert w tej części przedmiotu zamówienia o równoważnych parametrach. Obowiązek wykazania równoważności spoczywa na Wykonawcy. W razie wątpliwości, co do równoważności poszczególnych elementów Zamawiający wezwie Wykonawcę do złożenia dodatkowych wyjaśnień lub dokumentów. Dodatkowe informacje: 1. Zamawiający zastrzega sobie prawo do zmiany lub uzupełnienia treści niniejszego zapytania ofertowego. Jeżeli zmiany będą mogły mieć istotny wpływ na składane w postępowaniu oferty, Zamawiający przedłuży termin składania ofert. Informacja o zmianach zostanie umieszczona tak jak ogłoszenie, na stronie Bazy Konkurencyjności: https://bazakonkurencyjnosci.funduszeeuropejskie.gov.pl 2. Zamawiający zastrzega sobie prawo do unieważnienia niniejszego zapytania ofertowego bez podania uzasadnienia oraz do pozostawienia postępowania bez wyboru oferty. 3. W razie pytań do przedmiotu zamówienia bądź sposobu przygotowania oferty, należy je składać pisemnie na stronie Bazy Konkurencyjności poprzez zakładkę Pytania: https://bazakonkurencyjnosci.funduszeeuropejskie.gov.pl 4. Zamawiający może żądać od Wykonawców dokumentów potwierdzających treść złożonych oświadczeń. Dowody potwierdzające treść oświadczeń to m.in. referencje, protokoły odbioru, CV lub innymi wiarygodnymi dokumentami poświadczającymi wskazane doświadczenie i kwalifikacje np. publikacje naukowe.