ZAPYTANIE OFERTOWE NR VCT/CKD/25/2026 - Usługa analizy transkryptomu w przekazanych próbkach materiału biologicznego

Wybrany Wykonawca odpowiedzialny będzie za wykonanie usługi polegającej na analizie transkryptomu w przekazanych próbkach materiału biologicznego. Usługa zewnętrzna w zakresie sekwencjonowania całego transkryptomu RNA-Seq metodą NGS, obejmuje przygotowanie i analizę próbek (w tym ekstrakcję RNA z zawiesiny komórek oraz jego oczyszczenie), weryfikację integralności (np. TapeStation), pomiar stężenia, tworzenie bibliotek obejmujące usuwania rRNA (rybodeplecję) obecnych w próbce, sekwencjonowanie wszystkich kodujących i niekodujących RNA (minimalnie 50 mln odczytów na próbkę, sekwencjonowanie o długości 2x75 bp lub 2x150 bp). Materiał przekazany do analizy stanowić będzie zawiesina komórek zwierzęcych w roztworze stabilizującym lub wyizolowane RNA (totalRNA). Każda przekazana próbka zawierać będzie ok. 1-5 mln komórek lub min. 1 ug wyizolowanego, oczyszczonego RNA o stężeniu >40 ng/ul, objętość >20 ul, RIN > 6.0. Zamawiający dopuszcza możliwość składania ofert bez konieczności wyceny etapu izolacji RNA (w takim przypadku izolacja RNA odbędzie się po stronie Zamawiającego). Wykonawca po zakończeniu prac przekaże Zamawiającemu dane wynikowe poddane wstępnej obróbce bioinformatycznej (w tym demultipleksowaniu) w formacie FASTQ dla każdej próbki oraz raport zawierający wskaźniki kontroli jakości takie jak całkowita liczba odczytów, długość odczytu, zawartość %GC, zawartość adaptera i duplikatów, Error rate (%), Clusters Passing Filter (%). Zamówienie winno zostać zrealizowane zgodnie z najwyższymi standardami środowiskowymi, zapewniającymi minimalizację zużycia materiałów, surowców i energii. Miejsce realizacji zamówienia: wskazane przez Wykonawcę. Planowana liczba próbek do analizy: 9-20. Zamawiający zastrzega sobie możliwość sukcesywnego przekazywania próbek (maksymalnie 3 dostawy). Koszt transportu próbek w suchym lodzie pokrywa Wykonawca. Zamawiający powiadomi Wykonawcę o przygotowaniu próbek do analizy, a Wykonawca w terminie do 72 h od przekazania informacji odbierze próbki od Zamawiającego i zapewni transport przekazanych próbek w suchym lodzie celem przeprowadzenia analiz transkryptomicznych. Jeśli w opisie przedmiotu zamówienia występują: nazwy konkretnego produktu, normy jakościowe, nazwy własne, patenty, znaki towarowe, typy, standardy należy to traktować jedynie jako pomoc w opisie przedmiotu zamówienia. W każdym przypadku dopuszczalne są rozwiązania równoważne pod względem funkcjonalności, jakości. Jeżeli w opisie przedmiotu zamówienia wskazano jakikolwiek znak towarowy, patent czy pochodzenie - należy przyjąć, że wskazane patenty, znaki towarowe, pochodzenie określają parametry techniczne, eksploatacyjne, użytkowe, co oznacza, że Zamawiający dopuszcza złożenie ofert w tej części przedmiotu zamówienia o równoważnych parametrach. Obowiązek wykazania równoważności spoczywa na Wykonawcy. W razie wątpliwości, co do równoważności poszczególnych elementów Zamawiający wezwie Wykonawcę do złożenia dodatkowych wyjaśnień lub dokumentów. Dodatkowe informacje: 1. Zamawiający zastrzega sobie prawo do zmiany lub uzupełnienia treści niniejszego zapytania ofertowego. Jeżeli zmiany będą mogły mieć istotny wpływ na składane w postępowaniu oferty, Zamawiający przedłuży termin składania ofert. Informacja o zmianach zostanie umieszczona tak jak ogłoszenie, na stronie Bazy Konkurencyjności: https://bazakonkurencyjnosci.funduszeeuropejskie.gov.pl 2. Zamawiający zastrzega sobie prawo do unieważnienia niniejszego zapytania ofertowego bez podania uzasadnienia oraz do pozostawienia postępowania bez wyboru oferty. 3. W razie pytań do przedmiotu zamówienia bądź sposobu przygotowania oferty, należy je składać pisemnie na stronie Bazy Konkurencyjności poprzez zakładkę Pytania: https://bazakonkurencyjnosci.funduszeeuropejskie.gov.pl 4. Zamawiający może żądać od Wykonawców dokumentów potwierdzających treść złożonych oświadczeń. Dowody potwierdzające treść oświadczeń to m.in. referencje, protokoły odbioru, CV lub inne wiarygodne dokumenty poświadczające wskazane doświadczenie i kwalifikacje np. publikacje naukowe.